Cooperarea in domeniul justitiei si al afacerilor interne (cunoscuta si sub denumirea de "al treilea pilon") a fost institutionalizata prin Titlul VI al Tratatului asupra Uniunii Europene. Scopul acestei cooperari a fost acela de a pune in practica principiul liberei circulatii a persoanelor. Cooperarea a inclus:
-politica acordarii de azil;
-regulile aplicate in cazul trecerii granitelor externe ale statelor membre;
-politica in domeniul imigratiei;
-combaterea traficului de droguri;
-combaterea fraudei internationale;
-cooperare judiciara in cauze de drept comun si penal;
-cooperare in domeniul vamal;
-cooperare politieneasca.
Diverse instrumente au fost create ca mijloace de actiune in aceasta sfera: actiunea comuna, pozitia comuna si conventia. In ciuda progreselor semnificative, au fost exprimate si critici cu privire la toate actiunile intreprinse in cadrul cooperarii in acest domeniu. S-a cazut de acord asupra nevoii de fi introduse prevederi mai eficiente in scopul intaririi structurilor de cooperare si incorporarea in cadrul legislativ comunitar a domeniile mentionate mai inainte, ce sunt legate de controlul persoanelor (azil, imigrare si trecerea granitelor externe).
Tratatul de la Amsterdam a reorganizat cooperarea in domeniile justitiei si afacerilor interne, stabilind ca obiectiv crearea unui spatiu al liberei circulatii, securitatii si justitiei. Anumite sectoare au fost circumscrise cadrului legislativ comunitar, in timp ce noi domenii si metode au luat nastere.
"Spatiul Schengen", creat in afara cadrului juridic al Uniunii Europene la initiativa unor state membre care au dorit sa avanseze mai mult in ce priveste libera circulatie a persoanelor, a fost in cele din urma inclus in Tratatele UE si CE.
