Regulamentul de organizare si functionare a Ministerului Justitiei a fost publicat in M. Of.

Conducerea ministerului se exercita de ministrul justitiei.
Ministrul justitiei indeplineste, in domeniile de competenta ale ministerului, atributiile generale prevazute de lege, in special la art. 53 din Legea nr. 90/2001, cu modificarile si completarile ulterioare, precum si atributiile specifice prevazute de Legea nr. 303/2004 privind statutul judecatorilor si procurorilor, republicata, cu modificarile si completarile ulterioare, de Legea nr. 304/2004, republicata, cu modificarile si completarile ulterioare, de Legea nr. 317/2004 privind Consiliul Superior al Magistraturii, republicata, cu modificarile si completarile ulterioare, si de Legea nr. 567/2004 privind statutul personalului auxiliar de specialitate al instantelor judecatoresti si al parchetelor de pe langa acestea, cu modificarile si completarile ulterioare.
Ministrul justitiei conduce intreaga activitate a ministerului, il reprezinta si il angajeaza in raporturile cu alte ministere si organe de specialitate ale administratiei publice centrale, cu alte autoritati, institutii publice si organizatii centrale si locale, cu institutiile Uniunii Europene (UE) si cu alte organizatii internationale, precum si cu alte persoane fizice si juridice, din tara si din strainatate.
Ministrul justitiei are calitatea de ordonator principal de credite, in conditiile legii.

Ministrul justitiei este ajutat in activitatea de conducere si reprezentare a ministerului de 2 secretari de stat, de un subsecretar de stat, precum si de secretarul general si de secretarul general adjunct.
Secretarii de stat si subsecretarul de stat sunt numiti prin decizie a primului-ministru si desfasoara activitatile stabilite prin ordin sau instructiune de catre ministrul justitiei, realizand operatiunile care decurg implicit din acestea.

In minister sunt incadrate urmatoarele categorii de personal:
a) personal de specialitate juridica, asimilat, potrivit legii, judecatorilor si procurorilor;
b) functionari publici;
c) manageri publici;
d) functionari publici cu statut special;
e) inspectori de probatiune;
f) consilieri pentru afaceri europene;
g) personal contractual.

Compartimentele de specialitate juridica din structura organizatorica a ministerului sunt urmatoarele:
a) Corpul de control al ministrului;
b) Directia elaborare acte normative;
c) Directia avizare acte normative;
d) Directia contencios;
e) Directia drept international si cooperare judiciara;
f) Directia afaceri europene;
g) Biroul pentru prevenirea criminalitatii si de cooperare cu oficiile de recuperare a creantelor din statele membre ale UE;
h) Directia resurse umane;
i) Serviciul profesii juridice conexe;
j) Directia de probatiune;
k) Serviciul programe europene;
l) Serviciul comunicare si relatii publice.